ANALISIS AKTIVITAS SELULASE DAN IDENTIFIKASI MOLEKULER BAKTERI SELULOLITIK ASAL LIMBAH TANDAN KOSONG KELAPA SAWIT MENGGUNAKAN MARKA GEN 16S rRNA

EDO AGAM PAMUNGKAS. Analisis Aktivitas Selulase dan Identifikasi
Molekuler Bakteri Selulolitik Asal Limbah Tandan Kosong Kelapa Sawit
Menggunakan Marka Gen 16S rRNA. Dibimbing oleh Dr. SYLVIA MADUSARI
S.Si., M.Si., HALIDA ADISTYA PUTRI S.P.,M.Si. dan RISA ROSITA S.Si.,
M.Si.
Bakteri selulolitik merupakan bakteri pendegregasi selulosa yang berperan
dalam dekomposisi limbah organik, termasuk tandan kosong kelapa sawit (TKKS).
Analisis aktivitas selulase dilakukan dengan menguji kemampuan isolat bakteri
selulolitik dalam mendegregasi selulosa. Identifikasi molekuler dilakukan dengan
tujuan eksplorasi keragaman spesies bakteri selulolitik asal limbah TKKS. Tujuan
penelitian ini yaitu mengetahui aktivitas selulase isolat bakteri selulolitik asal
limbah TKKS dan melakukan identifikasi spesies bakteri selulolitik asal limbah
TKKS menggunakan pendekatan DNA Barcoding. Tahapan penelitian meliputi
isolasi dan peremajaan isolat, uji hipersensitifitas, analisis aktivitas selulase (uji
selulolitik), amplifikasi DNA, dan analisis bioinformatika (identifikasi spesies dan
pohon filogenetik). Penelitian ini menggunakan isolat bakteri selulolitik yang
berasal dari tiga lokasi TKKS yang berbeda. Isolat kode PO berasal dari kebun
pupuk organik Sulung Research Station (SRS) ; kode PL berasal dari Kebun sawit
PT.SSMS dan kode PK merupakan isolat bakteri yang berasal dari Pabrik
Pengolahan Kelapa Sawit Sulung. Hasil peremajaan isolat media padat dengan
waktu inkubasi 48jam dan media cair dengan waktu inkubasi selama 24 jam,
kemudian dilakukan uji hipersensitivitas hasil pengujian menunjukkan sifat tidak
patogen. Hasil analisis aktivitas selulase menggunakan metode uji selulolitik
menunjukkan adanya aktivitas selulase pada isolat bakteri selulolitik asal limbah
tandan kosong kelapa sawit. Kode PO dengan indeks selulolitik sedang, kode PL
indeks selulolitik rendah, dan kode PK dengan tidak memiliki indeks selulolitik.
Hasil amplifikasi DNA beradasarkan elektroforegram ketiga isolat memiliki pita
tunggal yang tebal dan jelas dengan ukuran 1500 bp. Hasil analisa bioinformatika
dari isolat bakteri selulolitik yang dilakukan identifikasi molekuler bakteri
selulolitik Sampel PK merupakan spesies Aeromonas enteropelogenes, sampel PL
spesies Nitrosomonas stercoris, dan sampel PO Methylobacillus caricis. Analisa
kekerabatan spesies dilakukan menggunakan pohon filogenetik, hasil menunjukkan
bahwa bakteri Nitrosomonas stercoris NCBI dan Aeromonas enteropelogenes
NCBI memiliki homologi 96% dengan spesies Methylobacillus caricis NCBI.
Methylobacillus caricis NCBI memiliki kemiripan 94% dengan Methylobacillus
caricis PO, dengan kemiripan 20% terhadap spesies Aeromonas enteropelogenes
PK dan 13% tingkat kemiripannya dengan spesies Nitrosomonas stercoris PL.
Isolat teridentifikasi <97% sehingga dapat dikatakan spesies yang berbeda, sesuai
dengan pendekatan DNA barcoding yang dilakukan. DNA barcoding menggunakan
sekuen spesifik dalam mengkode spesies tertentu sehingga proses identifikasi
berhasil dilakukan. namun tidak dapat dikatakan spesies yang sama karna homologi
<97% sehingga dibutuhkan studi lanjutan terkait keragaman spesies bakteri
selulolitik pada limbah tandan kosong kelapa sawit.